Mint azt az alábbi screenshotokból is láthatjuk, a Bioshockban rengeteg lehetőségünk lesz testre szabni az irányítást, a grafikát és sok más opciót. Aki kívánja, akár Xbox 360 kontollerét is használhatja, de a fejlesztők elkészítettek egy külön PC-re optimalizált irányítási metódust is.