A Mass Effect 2 sztorija jóval sötétebb lesz, mit az első rész. A galaxisra minden eddiginél nagyobb veszedelem leselkedik, és talán Shepard az egyetlen aki szembeszállhat a láthatatlan ellenséggel. Ehhez azonban egy speciális csapat kell.
A hivatalos indoklás szerint legalábbis ez az oka annak, hogy a Mass Effect 2 új csapattagokkal variál. Az is biztos, hogy az újonnan verbuvált arcok mellett feltűnnek majd a régi ismerősök is, ám a főszerep ezúttal az új, speciális képességeik miatt összerakott csapaton lesz.
