Az Underworld története ott folytatódik, ahol a Legend letette a lantot. Lara, a bombázó régészhölgy a maják titkainak nyomába ered és céljának elérése érdekében a szombrérók fellegvárába, Mexikóba utazik, ahol az ősi Wayeb mítosz szerint úgy tartják az ott lakók, hogy a maják időszámításában 300 napból állt egy év, amihez öt hiányzó nap is társult. Ekkor nyílnak meg az alvilág kapui, hogy az ottani szörnyellák lepjék el békés világunkat. Lara pedig úgy tervezi, hogy pont ekkor lép be a pokol kapuján, hogy a maja alvilág bugyraiban keressen magának újabb izgalmakat.
